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京大独自の授業料免除制度（独自制度）の変更に関して、京大は2025年12月19日、本紙の取材に回答した。本紙は国の修学支援新制度よりも高い免除割合となっていた学部生の人数や独自制度の予算額を尋ねていたが、京大は明かさなかった。また、独自制度の支援を受けられるはずだった入学者に対して、既存の国の制度や奨学金以外の代替措置を新たに導入する予定がないことが判明した。大学側は「国の支援拡充」を制度変更の理由とするが、その根拠となる数値が示されないため、変更の妥当性が検証できない状態が続いている。

京大は2025年11月、26年度以降に入学する学部生について、独自制度の対象外にする旨の文書をウェブサイトに掲載した。京大によると、文書を公表したのは11月7日だという。12月5日に本紙は、国による修学支援新制度や独自制度の対象になった京大学部生の人数や独自制度の予算額の変遷を京大に質問した。回答期日を過ぎた15日には「担当部署で数字の確認を行っている」と京大は説明していた。しかし、19日の回答では「数値については公表しておりません」とした。また京大はウェブサイトに掲載した文書で、多子世帯無償化を例として「支援が拡充されている状況」を変更理由に挙げていた。しかし、多子世帯無償化の対象になっている人数も明かさなかった。

京大は回答の中で、国際卓越研究大学制度への採択に向けた改革とは関係ないと説明した。独自制度の支援対象になる予定だった入学者に対する新たな代替策については、「修学支援新制度や各種奨学金の紹介をウェブサイトにおいて行っております」と答えるのみだった。

本紙は12月19日の国際卓越研究大学認定候補の選定に係る記者会見で、学部生への経済支援の復活・拡充について質問した。國府寛司理事（学生担当）は「学部生への経済支援も色々考えたいが、今現在、明確な案を持っているわけではない。学部教育の改革として様々なことを考えていくことは十分にある」と述べるにとどまり、独自制度変更に伴う具体的な学部生への支援策を示すことはなかった。