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３月２３日、京都大学職員組合員らが減額された賃金の返還を求める控訴審の審理が大阪高等裁判所で行われた。被告である京大が提出した準備書面に対し、原告が書面にて反論し、加えて控訴人を代表して髙山佳奈子氏が弁論した。判決は７月１３日に言い渡される。

京大側は準備書面で、就業規則変更の合理性を判断する際に考慮される「高度の必要性」が、財政的事情に限定されるとした判例が存在しないことを主張し、財政的事情がなくても就業規則を変更できると述べた。その上で、公的資金である交付金に財源を依存している京大は、その公的性格ゆえに財政難以外の事情も考慮する必要があることに加え、政府による給与減額措置実施の要請は強制に近くやむを得なかったと主張した。

また、労働条件の不利益変更が合理性かどうかは、諸事情の総合判断により解釈されるべきであり、「高度の必要性」は合理性判断の一要素に過ぎないと京大は述べた。その上で、変更の必要性や内容の相当性などを総合的に判断した上で、合理性はあると抗弁した。

これに対し原告が、準備書面には「具体的な「反論」が無いに等しい」と跳ねつけた。国立大学法人化の趣旨は、国や他の法人からの独立を意味しており、就業規則は独自の事情を検討し行われるものである。合理性を考慮する際にこのような個別の事情を検討する必要があったにもかかわらず、国家の要請をもってして「高度な必要性」が存在したと理由づけたことを批判した。そして、国の要請を理由として賃下げを強行すること、他大学の賃下げを理由として強行することは、国立大学法人化の趣旨を無視し既存の法制度を無効にすると主張した。原判決は「高度の必要性」があるという点を大前提に置いて始まってしまったために、国立大学法人が「独立」したものであるという個別の実情の検討なしに行われており、「原判決は特異なものであったと言うしかない」として、一審判決の破棄を求めた。

この主張に加え髙山氏は、これまでの最高裁判例において財政的必要性が皆無でも賃下げができるとした前例がないと述べた。これまでの判例はいずれも「財政上の理由」を主たる減額理由として争われてきたことを再度強調した。