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2月22日の午後1時45分頃、御池通堺町交差点で本庶佑・特別教授の運転する乗用車と京大の連絡バスが衝突した。連絡バスは吉田キャンパスから桂キャンパスへと向かっており、京大の学生などが乗っていた。

連絡バスは、キャンパス間の移動を目的として大学が運行しており、教職員や学生が利用できる。事故の際にバスに乗っていた利用者に対しては、バスの運行を業務委託している交通会社との調整のうえ、大学が代替的な移動手段を用意したという。連絡バスの運行スケジュールに事故による変更等はなかった。バスの乗客1名と本庶特別教授が怪我のため病院に搬送されたと報道されたが、これについて京大は本紙の取材に対し、「詳細は答えかねる」と回答した。