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１０月１日に熊取原子炉実験所で開催されたアトムサイエンスフェアでの島田義也氏（放射線総合医学研究所）による講演会で、講演内容に反対する学生有志らが排除された一件について、大学当局側から学生側への説明と話し合いが１１月１０日、学務部２階会議室でもたれた。

当局側からは、赤松明彦厚生補導担当副学長、森山裕丈原子炉研所長、高橋千太郎同副所長が出席。６時間以上に及んだ話し合いの結果、原子炉研は講演会当日の警察対応について慎重を欠いていたことを確認したほか、ホームページ上に謝罪の文章を掲載することとなった。同ページに掲載された文章は以下の通り。

「京大原子炉実験所は表現の自由、学生自治に対する認識不足から、２０１１年１０月１日に当実験所で行われた「アトムサイエンスフェア講演会」において、講演会中止を求めるデモに参加したと判断した者に対し講演会入場を拒否し、結果として表現の自由と学生自治を侵害したことを認め謝罪します。」