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大学予算が大幅に削減される可能性が生じていた問題で、昨年１２月２４日に閣議決定された来年度予算案で大学関係者の強い訴えなどを受けるかたちで前年度並みの予算が確保されることがわかった。

国立大学運営費交付金は１兆１３２８億円で５８億円の減額となるも、減額率０・５％は０４年の国立大学法人化以降最小であり、毎年１％ずつ運営費交付金を減額する「効率化係数」は事実上なくなるかたちとなった。これに加えて「大学教育研究特別整備費」が５８億円分新規に設けられることで、大学の基盤的経費は前年度並みが確保される。

また「政策コンテスト」で７万件を超える拡充要望が寄せられた学費減免・奨学金については若干の拡充がみられた。国立大学の授業料減免枠が学部・修士：３・４万人（全学生の６・３％）を３・６万人（７・３％）に拡大。この数値を京都大学に当てはめると授業料の全額免除者枠が１００名強増加することになる。日本学生支援機構の無利子奨学金事業も７０３億円から７０６億円に３億円（０・４％）増加。貸与人員に換算ずると３４・９万人から３５・８万人に9千名分拡充される。

他方で「時代の要請に応える人材育成及び限られた資源を効率的に活用し、全体として質の高い教育を実施するため、大学における機能別分化・連携の推進、教育の質保証、組織の見直しを含めた大学改革を強力に進めることとし、そのための方策を1年以内を目途として検討し、打ち出すこと。」という「大学改革」の合意が文科省・財務省両者の間で結ばれたことも同日明らかになった。これは機能別分化など大学の再編を政府主導で進めていくとのサインである可能性があり、今後の動きに注意が必要である。

この間政府が昨年７月２７日の閣議決定で「元気な日本復活特別枠」以外の歳出を一律で一割削減する方針を決定したことで、大学関連予算も大幅に削減される可能性が浮上。国立大学協会など大学関係者が相次いで予算確保を求める声明を発表したほか、予算へのパブリックコメンントでは京大を含む全国の国立大が意見の提出呼び掛けを行ない、各事業に数万件単位で必要性を訴えるコメントが寄せられていた。