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来年度予算の「元気な日本復活特別枠」にエントリーされた事業についてのパブリックコメントの受付が9月２７日から開始された。文部科学省の要望事業には国立大学法人の運営費交付金の一部（８８４億円、交付金全体の約５％に相当）や、授業料減免枠および無利子奨学金枠の拡大、若手研究者の支援といったものが含まれており、予算の確保に必要な同省は全国に向けてパブリックコメントの提出を呼びかけている。

これを受けて阪大や名大などの各国立大学は総長名によるパブリックコメントの提出を大学関係者に訴える声明を発表しており、京都大学でも１０月1日付けでホームページ上に「大学からのお知らせ」として、周知がなされている。また愛知教育大、東京大では両校とも１０月２日に大学財政の危機を訴える全学集会が開催された。パブリックコメントの提出期限は１０月１９日の午後５時まで。

来年度予算については、７月２７日の閣議決定で「元気な日本復活特別枠」以外の歳出を一律で一割削減する方針が決定しており、国立大学法人の運営費交付金も大幅に削減される可能性がある。文科省では通常の概算要求を大幅に減額するいっぽう（５６０億円、前年比マイナス４・８％）、「政策コンテスト」によって予算の有無が決められる特別枠への要望で補う方針。同コンテストで要望が通らなかった場合、その時点で交付金は大幅に削減されることになる。