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京大は4月1日付で事務本部を廃止して、事務本部に属していた事務組織など26組織を機能別に再編し、総長、教学事項を担当するプロボスト、事業・財務を担当するCFOの下に位置付けた。京大によると、意思決定の責任と権限の明確化、多職種協働型の総合的な支援体制の構築が狙いだという。25年12月に公表された国際卓越研究大学申請に関する計画案に沿った組織再編が進んでいることとなる。

事務本部に属していた学務部や人事部など15の事務組織、国際高等教育院や学生総合支援機構など8つの教育院等、総合研究推進本部・教育改革戦略本部・成長戦略本部という3つの事業推進組織が、29の支援組織として総長、プロボスト、CFOの下に機能別に再編された。京大は本紙の取材に対して、▼総長、プロボスト、CFOから各組織への指揮命令系統を整理し、意思決定における責任と権限を明確化すること▼教員、事務職員、技術者など多様な職種の人たちがフラットに連携して、効果的に協働作業を進められる体制を構築することが組織再編の狙いだと答えた。

再編に伴い、総長の指示や業務にかかわる企画立案、連絡調整などの事務を担う総長オフィスは、大学全体の将来構想及び戦略の企画、調整などを担う総長戦略オフィスに改組され、全学の会議運営や総務業務を担う総務室が新設された。また、ディベロップメントオフィスとHR戦略オフィスが新設され、資金運用室がCFOオフィスから独立した。国際戦略本部と国際交流室はグローバル・エンゲージメント・オフィスに、インスティテューショナル・リサーチ室は総長戦略オフィスに統合され、人事部職員育成課ダイバーシティ推進室を前身として、DEIB推進室が新設された。

京大が25年12月に公表した卓越大申請に関する計画案での概要では、総長、プロボスト、CFOを中心とした戦略的意思決定によるガバナンス体制の構築を目指し、総長が教学・経営支援組織、プロボストが教学支援組織、CFOが経営支援組織を統括するとされていた。