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１１月４日１２時頃、学内で私服警官が発見された。学生が吉田南構内で演説中、不審な男を見つけたため声をかけたところ、男は顔を隠してうずくまり、学生に取り押さえられたという。学生によると、その際、財布から警官であることを示すものが見つかり、判明に至った。

その後近くの教室で杉万俊夫・学生担当理事や学生が事情を聞いたところ、男は公務ではなく私用で構内にいたと主張。一方、そのとき東山東一条交差点西では約１００人の機動隊（当社推計）が８台以上の警察車両（大型輸送車６台、中型輸送車１台、指揮官車１台、覆面パトカー多数）とともに待機し、男の早期解放を大学側に求めていた。

同日１６時過ぎ、男の上司を吉田南構内正門前に呼び、杉万理事・職員・学生の立ち会いのもと、身柄が引き渡された。学生が上司に対し、男の学内滞在が公務によるものか尋ねたところ、直接の上司ではないため分からない、今後調査すると上司は答えた。杉万理事は、状況からして私用とは思えない、毅然とした態度で臨むと伝えている。

また杉万理事は同日付で以下の通りコメントを発表している。「【大学構内への警察官の立ち入りについて】本日、警察官が無断で大学構内に立ち入ったことが分かりました。事前通告なしに警察官が構内に立ち入ることは、京都大学として、誠に遺憾であります。なお、現在、詳細な事実関係の調査を行っております。」

通常、警察官が捜査等で学内に入る時は、事前に大学に通達の上、学生と職員が立ち会うことになっている。