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１０月２９日、時間雇用教職員就業規則が改定された。主な変更点は、通勤手当の廃止、時間給の上限額の引き上げ、時間給の区分の細分化（１００円単位から５０円単位へ）の三点。改定後の規則は４月１日より施行される。なお、施行の前日まで雇用されていた時間雇用教職員は、同一の職名で雇用が継続する限りは改定前の規則に従って雇用されることができる。

京都大学によると、今回の改定は外部資金プロジェクトによる雇用の増加からくる、通勤手当に関する不均衡をなくすためのもの。法人化以降の京都大学では、予算に占める競争的資金の割合が高まり、外部資金プロジェクトによって雇用される教職員の数が増加している。この外部資金プロジェクトによる雇用では、経費の使用ルール等により通勤手当が支給されないケースが増加しており、結果として通勤手当受給者と非受給者の間で不均衡が生じている。今後もこの不均衡の広がりが予想されるため、通勤手当分を加味して、柔軟に給与額を決定することを可能にするのがねらいであるとのこと。

従来、通勤手当は教職員給与条項に規定された基準に基づいて支給されていた。しかし京都大学によると、今回変更された給与体系のなかで通勤手当分を加味する基準は現在存在しない。