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１１月２８日、日本学術振興会は第１回採択（０２年度）分の「２１世紀ＣＯＥプログラム」に関して、１５大学３１件を、最高評価「期待以上の成果があった」との報告書を発表した。ＣＯＥプログラムは５年計画で進められており、事後評価がなされたのは今回が初めてになる。

京都大学は第１回採択分の１１件のうち、「生物多様性研究の統合のための拠点形成」（生命科学分野）、「先端生命科学の融合相互作用による拠点形成」（生命科学分野）、「京都大学化学連携研究教育拠点形成」（化学・材料科学分野）、「電気電子基盤技術の研究教育拠点形成」（情報・電気・電子分野）、「世界を先導する総合的地域研究拠点の形成」（学際・複合・新領域）の計５件で最高評価を受けた。大学別に見たときには最高評価５件は最多となる。